Bueno pues si algo te respondo lo que sé:
CITA
*Al final, lo que el padre de Shinji queria era estar nuevamente con su mujer..¿no?, si, queria el plan de volverse 1 con todos, pero mas queria estar con su mujer..
Al parecer Gendo se dio cuenta de que no servia su plan de instrumentalización humana y decidiopor quedrase con su mujer. Prueba de ello es que le pide perdón a Shinji por todo...
CITA
*Quien mato a Kaji?..en la traduccion que vi q habla con una mujer. Dudo que haya sido misato.
Según leí en una web, supuestamente(en el anime) lo mato una ex novia que fue mandada por NERV (aunque en el anime no se muestra si murió a ciencia cierta o no)....
Sin embargo (y como dice Shino) en el manga se devela quien mata a Kaji y fue...
[spoiler]Ritsuko

[/spoiler]
CITA
*Porque durante la serie (ya nomas del primer capitulo) aparece Rei como "fantasma" varias veces??
De las tantas interpretaciones que le han dado , dicen que ese fantasma parecia, como señal de esperanza en cierto asunto. En el primer cap apareció ante Shinji, y est tenia la esperanza de reencontrarse con su padre. Lo mismo al final de las pelis con al esperanza de crear una nueva humanidad con Asuka.
CITA
*Que es lo que le dice el padre de Shinji a la doctora antes de matarla? En la peli que baje, no se escucha nada, no se si porque es asi..o porque tiene un error.
Secundo a Shino, no dice nada, aunque pueda revelarle que Gendo se disfrutaba su madresita

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CITA
*El final reperesenta la eleccion de Shinji, empezar de nuevo, tanto leer en todas partes con su respectivo fundamento, no me quedo claro quien representa a eva, si Asuka o Rei.
Ademas, no se donde lei, Rei no puede tener hijos, asi q no seria eva..¿?
Esa trinidad (Shinji,Asuka, Rei), la develó Anno y su equipo cuando vieron que unos fans no entendian la serie y si noesoy mal, eran Shiji-dn, Rei-Eva y Asuka-Lilith,pero no recuerdo bien.
CITA
*La frase que dice Asuka al final, segun mi traduccion "este sentimiento no me gusta" ¿?
Tal como la que tu dices y la que menciona Shino ( "no me siento bien") son de las tantas que mencionan los Fansubs, pero que la vdd no dan una traducción exacta.
La traducción más famosa (la que más me gusta,ms no la correcta) es "Qué Asco"

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No es raro que no entiendoas EVA la 1ra vez ( yo vi la serie al mismo ritmo que tú

) y te recomiendo verla muchas veces para comprenderla ( si te gustó mucho, si no, pues no seas masoquista

) Yo la he visto muchas veces y aun no la comprendo del todo (si un fan la comprende en su totalidad, es un Master Otaku LV 100 XDDD).
Tmb si quieres, lee el Iron Maiden (que cuentan el futuro alternativo de Eva que apareció en el cap 26 de la serie). El manga y espera las pelis!!!
Te recomiendo tmb que entres a buenas webs como
http://www.reiliberationparade.com.ar/index_2.htm. o EVADEF (si es que existe, tecleala asi en google. Esa web en su timepo fue la 3ra web de Eva en el mundo, pero por hosting ya creo que ni exista)) y te aclaran muchas dudas de la serie (están en español).
Ahh y 2 regalitos:
[spoiler]1.
THE RED CROSS BOOKUn librito repartido cuando se exhibieron las pelis en los 90's. Te cuentan suscesos de la serie y algunos significados y simbologias de la serie. Recomendado 100 %

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[spoiler]2.

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Espero haberte ayudado

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Att. El Tio O-K

(EVA FAN!).